SMA Negeri 1 Boja berdiri pada tahun 1985 melalui SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0601/0/1985. Pertama berdiri SMA Negeri 1 Boja menempati gedung SMPN 1 Boja dalam melaksanakan KBM yang dilaksanakan siang hari. Penggunaan gedung SMPN 1 Boja ini berlangsung selama 2 tahun menunggu pembangunan gedung sekolah selesai dibangun. Gambar diatas merupakan gambar SMA Negeri 1 Boja pada tahun 1985 saat awal pembangunanannya.
Dari periode 1985 sampai sekarang telah terjadi beberapa pergantian kepala sekolah, berikut adalah nama nama kepala sekolah yang pernah menjabat di SMA Negeri 1 Boja:
| 1. | Drs. Mintono H.S. | : | 1 Juli 1985 s.d. 15 April 1987 |
| 2. | Muchtomi, B.A. | : | 15 April 1987 s.d. 31 Oktober 1989 |
| 3. | Rusmoyo, B.A. | : | 1 Nopember 1989 s.d. 1 Oktober 1992 |
| 4. | Mahjudi, B.A. | : | 2 Oktober 1992 s.d. 19 April 1995 |
| 5. | Drs. Muryono, S.H. | : | 20 April 1995 s.d. 14 Januari 2001 |
| 6. | Drs. Wagiyo, M.Pd. | : | 15 Januari 2001 s.d. 28 Agustus 2008 |
| 7. | Dra. Anni Prabandari | : | 29 Agustus 2008 s.d. 21 Desember 2009 |
| 8. | Drs. Sutopo, M.Pd. | : | 22 Desember 2009 s.d. 22 Maret 2012 |
| 9. | Sunarto, S.Pd., M.Pd. | : | 23 Maret 2012 s.d. 4 Pebruari 2014 |
| 10. | Asari, S.Pd | : | 4 Pebruari 2014 s.d. 27 Agustus 2016 |
| 11. | Prasida Widiyanto, S.Pd., M.Pd | : | 29 September 2016 s.d. 29 Desember 2017 |
| 12. | Puji Hastuti, S.Pd., M.Pd. | : | 29 Desember 2017 s.d. 29 September 2019 |
| 13. | Drs. Supriyanto, M.Pd. | : | 29 September 2019 s.d. sekarang |